常见的哺乳动物shRNA干扰载体：
1、质粒载体
2、慢病毒载体
3、腺病毒载体
4、AAV病毒载体
5、piggyBac载体
以上载体类型所使用的都是RNA聚合酶III类启动子：大家熟悉的人源和鼠源的U6启动子和人H1启动子。而转录终止子一般为5-6个T。这类载体shRNA长度一般为21bp,loop环为6bp。
结构：Target sequence (21 bp)+Loop sequence (6 bp默认: CTCGAG)+Guide sequence (21 bp)
举例：
1、质粒载体
线性结构：
CCTAAGGTTAAGTCGCCCTCGCTCGAGCGAGGGCGACTTAACCTTAGG
发夹结构：
2、慢病毒载体
shRNA 设计要点:
常规的shRNA加工过程会产生一个双链siRNA，每条链都能触发RNAi。这些siRNAs的功能链（引导链）随后载入到RISC复合体中，RISC复合体会将其引导到互补的靶位点并且催化靶mRNA的切割和降解。一个shRNA分子的引导序列经设计需要与靶序列完美互补。
shRNA常用资料库：
1. Sigma网站
Sigma公司做了一个针对人和小鼠的shRNA库，而且部分基因的shRNA序列经过验证，因此直接使用Sigma公司已验证过的RNAi序列最为方便。
首先打开网址：http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html 出现以下界面：
以NLRP3基因为例，直接输入基因名，点击search，出现以下界面：
在Products中找到并点击shRNA选项，出现以下界面：
注：建议选择CDS区的shRNA，3UTR基本不选，而且选择的每一条shRNA尽量在NCBI上做下BLAST，确保靶点的特异性。
2. Life Technologies网站
Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软体，操作非常方便，而且设计出来的shRNA不需要再到NCBI上Blast，直接可以使用。
首先打开网址：https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/sort.do，在Target Design Options处选中shRNA，以NLRP3基因为例，输入Accession number或Nucleotide sequence，其他条件不变：
下拉点击“RNAi Design”，出现如下页面：
选取原则：1.避免选取GGG和CCC等高GC序列 ；2.ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头，必须在紧连正义链的上游加一个G。
根据Rank评星，从中选取合适靶点序列（一般选择4条，不同位置各一条），点击Design shRNA Oligos：
然后在“Default Loop Sequence”选择合适的序列，在“Custom Loop Sequence”处输入合适的loop环序列，点击Design，即得shRNA序列。
常见的哺乳动物miR30-shRNA干扰载体：
1、质粒载体
2、慢病毒载体
3、腺病毒载体
4、AAV病毒载体
5、piggyBac载体
6、ToI2转座载体
以上载体类型所使用的都是RNA聚合酶II类启动子：大家熟悉的CMV，EF1a，CAG，CBh，SV40等。而转录终止子一般为polyA(如：SV40 late pA等)。这类载体shRNA长度一般为22bp,loop环为19bp。
结构：Target sequence (22 bp)+
Loop sequence (19bp默认:TAGTGAAGCCACAGATGTA)+
Guide sequence (22bp)
举例：
1、质粒载体
线性结构：
CCCTAAGGTTAAGTCGCCCTCGTAGTGAAGCCACAGATGTACGAGGGCGACTTAACCTTAGGT
发夹结构：
2、慢病毒载体
一个或多个基于miR30的靶向目的基因的shRNA（shRNAmiR）的表达载体：
1、2个miR30-shRNA质粒载体
2、2个miR30-shRNA慢病毒载体
miR30-shRNA设计要点:
miR30-shRNA分子的引导序列经设计与靶DNA完美互补。miRNA被设计为模仿人类miRNA30，同时在有义链的第一个碱基包含一个错配。因此，若靶序列5’端第一个碱基是A，则需要变成C，反之亦然；若靶序列5’端第一个碱基是G，则需要变成T，反之亦然。例如：
靶序列:
5’-CGCTGCTGGTGCCAACCCTATT-3’
有义链:
5’-AGCTGCTGGTGCCAACCCTATT-3’
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